短途运输多用鳗苗箱干运。每箱入1-1.5公斤的鳗鱼苗，以4-5个鳗苗箱为一套，相互以榫头嵌合套接组成一叠。最上层一个鳗苗箱不放鳗鱼苗，而放入冰块或作淋水用。水均匀分散地从上流入下面鳗苗箱中，使鳗鱼苗保持湿润。每叠底部放入一块衬板，然后用绳索扎结实，防止散脱。堆放好后立即起运。

用这种方法运输，气温在8-15℃时，10小时左右成活率可达95%，温度较高时，一定要加冰降温。

少量鳗鱼苗的短途运输，可直接用15厘米×25厘米左右的双层尼龙食品袋，每个袋中放入100克鳗鱼苗，再加200克的清水，然后排出袋中的空气充入氧气，扎紧袋口。气温在15℃以下，可运输10小时左右，数个包装袋放入手提包中运输，十分方便。