南京市高淳区购买商品房申请购房补贴流程如下：

　　1、申请人到高淳市民中心二楼不动产登记大厅房产局窗口申请领取，填写申请表并提交相关材料。

　　材料：居民身份证、商品房买卖合同、不动产权证书、购房发票、申请人本市银行借记卡

　　2、规资分局(不动产登记中心)负责审核申请人所购房屋权属登记情况。

　　3、区房产局负责审核相关材料，材料审核通过后进行登记汇总，每月定期将补贴金额汇入申请人提供的银行借记卡上。

　　4、区财政局负责设立购房补贴专项资金，及时调度资金，确保资金按时发放。