1. 申请人将入台证申请文件交给大陆代办旅行社。

2. 大陆旅行社初审通过后便将文件发放给台湾对接的旅行社。(申请爆量时，旅行社初审时间会拉长)

3. 台湾旅行社将申请人文件输入移民署的电脑系统中。(申请爆量时，旅行社送件时间会拉长)

4. 申请件输入后，移民署电脑便会自动依照申请份数的多寡，将申请列入配额的排序中，如当天申请件数累积已经超过一天配额5840的份数，则申请件会依序被归到至下一个工作日的配额中。

5. 每个工作日移民署会审核排到当日配额申请人的文件，如审核通过，移民署便会通知台湾旅行社去缴费出证，台湾旅行社再通知大陆旅行社缴费。(申请件数爆量的时候，这个缴费的流程常常会延误，使得出证时间延长)

6. 如移民署审核后需要申请人补件，在48小时内补件成功，申请人配额不变。如申请人没有在48小时内补件，移民署便会取消此申请件，退回给代办旅行社。