自然繁殖分完全自然繁殖和半自然繁殖两种方法。

①完全自然繁殖：又叫诱集繁殖，是利用泥鳅的自然资源，人工诱集产卵群体并获得受精卵的方法。采用此法时，首先在产卵季节，利用泥鳅的产卵习性，即喜在岸边的水草丛中产卵，相应地选择环境僻静的水草区，先在浅水处投施2筐草木灰，然后在诱产区施0.6-0.8千克的猪、牛、羊等畜粪水，这样能诱集大量泥鳅到此区域的水草丛中产卵繁殖，但应对此自然区域采取相应的保护措施，以防青蛙等敌害侵入，影响繁殖效果。也可利用人工鱼巢收集自然水域中的受精卵，移到特定的容器中孵化，以提高孵化率。

②半自然繁殖：是在人工条件下，让成熟的泥鳅自行交配产卵的方法。此法需要建造产卵池和孵化设施，繁殖之前，产卵池与孵化设备都要消好毒备用。亲鳅的雌雄配比如雄鳅个体较大，按1:1.5或1:2，若雄鳅体长仅10厘米左右，则雌雄比可调整为1：(3-4)，增加雄鳅的数量。每平方米可放7-10组。为保证正常繁殖，水温宜稳定在18℃以上时进行。

泥鳅一般在晴天的早晨产卵，上午10点左右产卵结束。当产卵基本结束后，就立即将牯有卵粒的鱼巢移到孵化池或其他孵化设施中进行孵化，并更换和补充新鱼巢放到产卵池中，以收集尚未产卵的亲鳅的卵。最后一批泥鳅产卵后，可以就在产卵池内进行孵化，但一定要将产卵池内的亲鳅全部捕出，以防亲鳅吞食鱼巢上的卵粒，影响出苗率。