乌龟的主要敌害有蚂蚁、鼠、蛇及其他鸟类。坏卵发臭会招惹蚂蚁，蚂蚁集群而来不仅会伤害好卵，也全围困刚出壳的幼龟并把它咬死。蛇与鸟类也危害幼体，鼠有时咬伤乌龟前后无甲壳处，造成乌龟的死亡。

一般来说，乌龟适应性和抗病力都强，疾病少，但也发生一些疾病。安徽六安县龟鳖场报道，先后发现有龟的眼睛红肿，眼角膜糜烂、眼球被白色分泌物盖住，甚至造成双眼失明。得此病的乌龟行动缓慢，常栖息岸边，停止摄食，继而死亡，尤其春秋两季水温在20℃左右，长期天旱无雨，水质恶化的情况下，这种病盛行，造成一部分龟的死亡，经查明，病因是在龟的口腔，咽下及鼻孔等部位寄生有大量的蚂蟥所致。治疗；用万分之七的石灰液对病龟口腔内的蚂蟥进行杀灭。

乌龟可根据食用、药用等不同的经济用途，分别进行加工处理。