棉花杆具有栽培双孢蘑菇、用作燃料、制备羧甲基纤维素、生产高密度纤维制品、用作堆肥和牲畜饲料等用途。棉花杆一般用作农民的燃料，其利用价值较低。由于棉花杆丰富又便宜，还可以用来制作棉花棒纸。利用棉秆还可以生产高密度纤维制品。另外，通过微生物分解棉秆中的木质素，进行堆肥处理，从而获得良好的生物肥料性能。

棉花杆可以用于饲料项目、原料深加工以及生物质能源利用。棉花杆有可以利用的化学成分，可以转变为营养丰富的饲料。棉花杆是一种天然纤维，而植物纤维是发展制浆工业的基本原料，因此可以使用棉花杆来造纸。还可以用棉花杆压块机等工具，将棉花杆制成高密度纤维板和人造板，来代替木质材料。