由于小肠结肠炎耶尔辛氏菌有多种血清型,各地所分离到的菌株血清型不一致，因此给本病的免疫预防带来了很大困难，月前尚无有效的疫苗可被使用，必要时可进行药物预防。由于本病在人和动物之间可以相互传播，人的发病往往是动物感染所致，要想防止本病的发生，人医和兽医必须共同努力。平时注意词料、饮水的卫生和检测工作，严防污染，减少猪的带菌率和本病的隐性感染率。