茸鹿有34枚永久齿，齿式为0133/4033，属草食动物齿型，上颌没有切齿，下颌两侧各有四枚切齿，齿小向外倾斜而活动，有乳齿，上颌两侧各生I枚犬齿，短小呈退化状态。臼齿发达，齿冠顶面有深刻的槽纹，咀嚼时横行，具有撕碎磨细饲料的作用。唇舌很灵活，舌面上生有乳突呈刺状，具有接纳食物和舐食食盐类的作用，舌、唇、齿、垫和下切齿协同摄食。

口腔内腺体发达，除颊腺、唇腺、腭腺外，尚有腮腺，颌下腺和舌下腺，分泌浆液、粘液和混合性3种唾液。其中腮腺最为发达，具有连续分泌的特点，采食及反刍期分泌加强，其唾液含有重碳酸盐和磷酸盐等缓冲物，呈现弱碱性反应。颌下腺只在饲喂时分泌。舌下腺连续分泌，但分泌量很少。其他口腔腺分泌量较大，相当于两侧腮腺的分泌量。唾液的分泌量与饲料种类及瘤胃食物量有关。采食新鲜的割禾草时，分泌量最多，而采食少量干草和充分的精料时，则分泌量最低。刚采食后，瘤胃充满时，唾液分泌量减少，而随着瘤胃食物的不断排出，唾液分泌量则逐渐增多。

鹿胃由4个室构成，即瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃。前3室合称前胃，粘膜被覆着多层扁平上皮，无固有腺体，故称无腺部，而皱胃的粘膜被覆着多层柱状上皮细胞，含有消化腺，分泌酸性胃液，故称胃的有腺部。

瘤胃的容积最大，可占整个腹腔的四分之三。梅花鹿的瘤胃容量约9L，马鹿的可达25L以上。饲料中50%的干物质在瘤胃内消化分解，大部分可溶性淀粉和糖类迅速在这里消失，蛋白质也在这里被微生物分解，仅有少量的淀粉、糖类和蛋白质进入小肠。

瘤胃中共生大量细菌和原虫，日粮中70%-85%的可消化干物质，被这些微生物所消化，而产生挥发性脂肪酸、二氧化碳、甲烷、氨。瘤胃中的微生物不仅能酵解淀粉糖类和蛋白质，而且能消化饲料中纤维素性物质，利用氨化物合成菌体蛋白及某些必要氨基酸；除此之外还能合成某些B族维生素。由此可见，瘤胃中微生物对反刍动物的营养过程具有极为重要的作用。

鹿的小肠包括十二指肠、空肠和回肠。胆汁和胰液于十二指肠处输入肠管。空肠是肠管中最长的部分。回肠始于空肠末端，止于盲肠和结肠交界处。小肠内消化液有胰液、肠液和胆汁内含多种消化酶，饲料中大部分营养物质和菌体蛋白在小肠消化吸收。大肠短粗，腺体较少，吸收水分能力很强。大肠包括盲肠，结肠、直肠。食物残渣到大肠后变得浓稠呈褐色或黑褐色，在直肠部位形成粪丸，经肛门排出体外。