金针菇煮火锅之前要把根部切除，可以放入淡盐水中浸泡30分钟，再用清水冲洗几遍，清洗时把金针菇撕成小份。金针菇中含有秋水仙碱，还带有一种特殊的菇腥味，在煮火锅之前也可以先把金针菇焯水2分钟，不焯水也可以，火锅中的高温也足以消除这些物质。

煮火锅之前，金针菇需要清洗干净，金针菇表面的脏东西可以用清水冲洗掉，但菌盖和内部缝隙中存在的杂质不好清洗，可以把金针菇根部切除，放在淡盐水中浸泡30分钟后早清洗几遍，清洗前把金针菇撕成小份，方面清理缝隙杂质。

新鲜金针菇中含有微生物和秋水仙碱，秋水仙碱会在体内氧化成二秋水仙碱，这种物质有毒性，所以金针菇一定要完全煮熟后再食用。比较讲究的人可以在金针菇煮火锅之前先把金针菇焯一遍水，焯水时间2-3分钟，秋水仙碱在高温环境下很容易分解。

煮金针菇或者吃金针菇前可以把金针菇切碎一点，金针菇不容易嚼烂，如果太长，一次性食用过多容易卡在喉咙里，严重的还会造成呼吸困难。金针菇虽然营养价值很高，但不可以吃太多，肠胃难以消化金针菇中的粗纤维，所以金针菇一般都是原样排除体外。