1、定义不同

玉髓在矿物学上，被严格的定义为一种二氧化硅隐晶质体的统称，它是石英的变种，因而常常具有蜡质的光泽；而玉石则是各种玉器的统称，在GIG的定义上，则主要分为硬玉和软玉这2种。

2、晶体形状不同

玉髓属于隐晶结构，质地细腻，晶莹剔透，由于二氧化硅的结合体特性，可以呈现多种透明度不同的过度、演进与变化；而玉石则不同，更加稳定的晶体排列结构，而且多部分呈现多矿物集合体的特性。尤其是和田玉，其晶体颗粒度极细，质地也十分的密实。

3、化学成分差异

玉髓主要化学成分为二氧化硅，受制于外环境金属元素的不同，还有铁、铝、锰等元素。而玉石富含多种微量元素，如锌、铁、铜、锰、镁、钴、硒、钠等多种矿物元素。