百色的海拔高度在250-1455米之间。

百色市地形东西长320公里，南北宽230公里，地形为南北高中间低，地势走向由西北向东南倾斜，属于典型的山区，山区约占总面积的95.4%，丘陵、平原仅占4.6%。

百色市境内地表河流分属两大流域、两大水系：属珠江流域的有西江水系，主要为西江干流上游南盘江、红水河、西江主要支流郁江上游“右江”；属红河流域的有西南国际水系百都河，经越南流入北部湾。全市多年平均水资源总量为182.4亿立方米。