蝼蛄虾洞呈Y型，上半部呈U型并有数个回转室，洞穴最深约100厘米，有两个开口，一为入水口，口径较大且平坦呈现凹陷状，另一为出水口，出水口成小火山口状，口径较小，且蝼蛄虾的洞穴内壁平滑且比一般沙层紧密。

回转室的作用因洞穴的宽度一般都较虾体稍窄，蝼蛄虾以发达的腹肢摆动而有效的制造水流，活水的流动除能帮助蝼蛄虾在深洞内呼吸，也是蝼蛄虾主要赖以摄食的方法。

蝼蛄虾于半沙半泥之海滩挖深洞而栖，游泳能力非常弱，它们长期躲在泥沙中，受到周围泥沙的保护，水流太强或流动的泥沙，都不是它们能适应的环境，终年蛰居于泥沙洞中。