1、工作任务不同：中统的工作重心是监控国民党机关内部情况，打击一切国民党之外的党派，控制社会舆论和思想。军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

2、所属机构不同：中统的是党中央的情报机构。军统的是直接属于国民党军队序列。

3、管辖领域不同：军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。中统主要管辖党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。

中统：

中统的全称是国民党中央党部统计调查处，中央党部调查委员会，国民政府统计调查局。因其始终为国民党中央组织部所掌控，故称其为中统。中统局负责除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作。实际工作中也是基本上维持在这个范围之内的，因为军统局也不允许他干涉越权。此外对于社会舆论、思想言论也负有监控责任。在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。