1、呼吸：这是主要功能，鳃丝表面布满微细血管，水中溶氧通过血管进入血液，起呼吸作用。

2、排泄器官：海水真骨鱼类鳃中含有泌氯细胞，泌氯细胞可分泌氯化物，因此海水鱼类可以生活在高盐度的海水中；而淡水硬骨鱼鳃可以吸收淡水中的氯化物，达到鱼体水盐平衡。

3、滤食：特别是浮游生物食性的鱼类，水中的浮游生物通过鳃丝过滤，进入口腔进行摄食。例如鲢鱼、鳙鱼是完全靠鳃来摄食的。