1、心边材不同：印尼小叶紫檀心边材区别明显，边材白色至浅红褐色；心材黑色及不规则黑色心材；印度小叶紫檀边材多黄白色或者黄褐色，心材多橘红色，随着时间的推移颜色会逐渐变深，直至紫黑色。

2、密度不同：印尼小叶紫檀木材有光泽，气干密度1.01g/cm3，致密度较高，属于木材中难得的存在；印度小叶紫檀木材光泽度较好，气干密度1.05～1.26g/cm3，致密度在木材中属于较高的存在。

3、气味不同：印尼小叶紫檀无特殊气味；印度小叶紫檀有特殊的檀香味，这点可以当做鉴别真假的依据。虽然市面上叫紫檀的木材很多，但是国际上只认准印度小叶紫檀为真正的小叶紫檀。