新疆海拔3000以上的城市有克孜勒苏柯尔克孜自治州和巴音郭楞蒙古自治州。

1、克孜勒苏柯尔克孜自治州：处在帕米尔高原上，地势由东南向西北呈梯状上升，最低处海拔1197米，北部、西北部为天山南脉和帕米尔高原，最高处海拔7719米，相对高差6522米。

2、巴音郭楞蒙古自治州：简称“巴州”，境内有高山、盆地、河流、湖泊、戈壁、沙漠和平原绿洲，属中温带和暖温带大陆性气候，一般高在4000-6000米之间，最高峰木孜塔格峰海拔7723米。