小龙女和杨过分开16年主要是因为，她想要让杨过活下去，她知道杨过很爱她，但她中了冰魄银针的毒快死了，而杨过中了情花毒还有断肠草可以解毒。小龙女知道自己死后，杨过不会独活，于是就留下了和杨过16年见面的留言。

其实，小龙女认为16年后，杨过肯定会忘了自己的，而且也可以争取时间，让杨过治好情花毒。因为杨过想要和自己见面，他一定会好好解毒的。

再加上，黄蓉骗杨过小龙女是被南海神尼救走的，南海神尼还帮小龙女解了冰魄银针的毒，所以她也希望杨过可以等小龙女16年，实际上黄蓉知道小龙女已经跳崖死了。不过，小龙女很幸运，她跳崖之后并没有死，在寒潭里她找到了解毒的办法。

最终16年后，杨过没等来小龙女也跳崖了，后来在悬崖下面找到了小龙女，两个人分离16年后终于见面了，发誓从此不再分开。后来，两个人帮助郭靖、黄蓉守卫襄阳，他们成了神雕侠侣，再后来就隐退江湖了。