1、漆黑的魅影龙牙在石之洞窟大吾所在处。

2、5.0剧情在包括原版剧情的基础上大规模更新，流程长达三个周目，一周目流程里新增火箭队剧情，二周目有新的八个道馆、新的联盟、银河团和等离子团、一个隐藏道馆（恶属性），三周目有类似黑白2的PWT的对战设施魅影摩天楼，可以挑战历代馆主、四天王和冠军（包括只担任了很短时间的小绿、小赤和N），并可以在第三世界对战动画中的小智、火箭队；5.0EX新增了难度较大的恶势力头目5连战（类似4.5的梦联盟，但中途没有休息了），以及一些承上启下的小剧情。