地理位置不同、主要线路不同、投用时间不同等。

1、地理位置不同：上海站位于上海市静安区秣陵路303号，毗邻上海长途客运总站，是上海铁路枢纽的重要组成部分。上海南站位于上海市徐汇区沪闵路289号，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客货特等站，是上海铁路客运的南大门，是上海铁路枢纽的重要组成部分，是上海市第三大火车站。

2、主要线路不同：上海站主要线路是京沪铁路、沪昆铁路、沪宁城际铁路。上海南站主要线路是沪杭铁路、京沪铁路、金山铁路。

3、投用时间不同：上海站投用日期是1908年。上海南站投用日期是2006年7月1日。