1、地窖贮藏：冬瓜地窖贮藏应选择果皮厚、果肉厚、质地致密、表皮鲜绿色、蜡质、大小均匀、无损伤的晚熟大品种。地窖的大小由储存的数量决定。通常在30平方米左右，储存5000公斤冬瓜。地窖大多为半地下式，高3.6米，地上、地下各1.8米。在周围设置库窗并打开，便于通风换气。

2、熏蒸储藏：冬瓜在储藏前两到三天，用高锰酸钾密封熏蒸。在地上铺干草或草帘，冬瓜堆放不超过三层，以免压坏。摆瓜的方向要和田间生长时的状态一致，以保持冬瓜原有的重力方向，如此果肉不易开裂，便可储藏过冬。贮藏期间，不要随意翻动，发现有病的瓜立即挑出。注意加强通风，散热降温同时也排除潮气，保持环境干燥。

3、冷库贮藏：冬瓜可利用冷库进行保鲜，冷藏温度在10~15℃，相对湿度为70%~85%，可存贮4~6个月。