熊本县位于日本的西端、九州岛的中心位置。境内以熊本市为中心构成了日本三大都市圈之外的熊本都市圈，属于日本地域中的九州地方。熊本县东邻大分县和宫崎县，西临有明海、八代海，与东海相接，南接鹿儿岛县，北连福冈县。东部有九州山地，北部有筑肥山地，在西北部，从山地流出的菊地川和球磨川等河流在有明海沿岸形成了熊本平原和八代平原，从本土向西南突出的宇土半岛的前面有天草诸岛，三面环山。