发票专用章如果是因为首次加盖不清楚，而造成盖了两次，是可以使用的。按照通用规定来说，开具的发票需要尽量做到按照规定的栏目、顺序、时间限制等，全部发票联都一次性如实加盖印章。但是当出现加盖不清楚的情况时，重复加盖发票专用章，依然是有效的。

发票联和抵扣联都是需要加盖发票专用章的。单位和个人在开具发票的时候，都需要按照编码顺序依次开具，填写相关项目，字迹清楚，内容属实，全部联次需要绑定一次打印，内容保持对应一致。而电子发票上已经具备了税控签名与企业的电子签章，因此电子发票打印出来之后，不需要再另外加盖发票专用章了。专用发票的记账联是不需要加盖发票专用章的，同时也不需要加盖财务专用章，只需填写与实际交易情况相符的项目明细即可。