要扣分。闯红灯是记6分，罚款200元，你交了罚款，6分记分就算是清了，但也要等记分周期结束时才最后清除。根据最新修订的《机动车驾驶证申领和使用规定》，闯红灯，记6分，罚100元。公安部最新修订发布《机动车驾驶证申领和使用规定》，违反道路交通信号灯通行为违法记分由3分提高到6分。

法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》 第三十八条 机动车信号灯和非机动车信号灯表示：(一)绿灯亮时，准许车辆通行，但转弯的车辆不得妨碍被放行的直行车辆、行人通行;(二)黄灯亮时，已越过停止线的车辆可以继续通行;(三)红灯亮时，禁止车辆通行。在未设置非机动车信号灯和人行横道信号灯的路口，非机动车和行人应当按照机动车信号灯的表示通行。红灯亮时，右转弯的车辆在不妨碍被放行的车辆、行人通行的情况下，可以通行。