合作自助查验通道，设置了“三道门”，旅客仅需要通过一次排队、一次读证、一次采集生物信息，即可完成珠澳双方的出入境自助查验。该通道主要适用于同时符合内地与澳门自助通关条件的内地居民和港澳台居民。

　　合作人工查验通道，采取“入境查验、出境监控”，旅客仅需要一次排队，一次人工检查，即可完成珠澳双方的出入境查验，主要适用于符合条件的内地居民和港澳台居民。

　　传统人工查验通道，设置为“台并台、肩并肩”传统人工通道，双方验证台中间不留缓冲空间。旅客一次排队，分别完成珠澳双方的出入境查验，适用于任何国籍及任何年龄人士。

　　旅检大厅一楼为出境层(横琴-澳门)，设置合作自助通道53条，传统人工通道6条、合作人工通道4条。

　　旅检大厅二楼为入境层(澳门-横琴)，设置合作自助通道43条，传统人工通道7条、合作人工通道4条。

　　横琴口岸创新实施“合作查验、一次放行”通关模式，通关旅客只需排一次队就可完成出入境手续。比如走合作自助通道，旅客只需要排一次队，过闸机的三道门(刷证件、按指纹、取凭条)即可实现通关，每一名旅客的平均通关查验时间仅需30秒左右，可谓又便捷又快速。