南京中山植物园北园以保护、研究、利用我国中、北亚热带植物为重点，建成包括植物系统分类园、蔷薇园、球宿根花卉园、药用植物园、盆景园、树木园、松柏园等10余个专类园。另外还有桥世界可供儿童玩耍。樱花大道、银杏、红枫岗以及梅花等都在植物园北园内。

　　✔ 植物分类系统园：植物分类系统园保育了华东地区可露地生长的种子植物290多种，园中的代表性植物有南方红豆杉、榧树、金钱松、蓖子三尖杉，鹅掌揪、红豆树、日本辛夷和东京樱花等。

　　✔ 盆景园：盆景园位于植物园中心区域、中山像旁竹林路边，收集各类树桩、水石、水旱、花果和微型盆景等多种流派精品盆景200余盆，大部分秉承海派盆景艺术风格。

　　✔ 标本馆：中山植物园标本馆是我国四大标本馆之一，保藏腊叶标本有苔蒙植物、破类植物、裸子植物及被子植物等类群，标本来自我国所有省份以及世界各大洲，尤以华东地区和日本是标本最为丰富。馆内还收藏有许多非常珍贵、极具科学价值的标本，其中包括有6000余份模式标本以及大量珍稀濒危植物标本。

　　✔ 蔷薇园：蔷薇园种植了蔷薇科及其他观赏植物，如梅花、樱花、月季、蔷薇、金钟、蜡梅、玉兰、山茶等。水池中则种植了王莲、睡莲和黄菖蒲等水生观赏植物。

　　✔ 球宿根花卉园：种植各类球宿根花卉100余种，大面积栽培品种繁多的牡丹、芍药和鸢尾。

　　✔ 树木园：树木园是中北亚热带树木引种驯化的科研基地，保育了华东地区露地生长的养灌木树种55科329种3551株，主要有壳斗科、樟科、冬青科、木兰科和槭树科等常绿和落叶阔叶树种。建有珍稀濒危树种标本区，保存珍稀植物种类约50余种，如宝华木兰、望春玉兰、秤锤树等。