set协议的局限性如下：

1、SET协议提供了在B2C平台上信用卡在线支付的方式，不过由于其实现起来非常复杂，商家和银行都需要改造系统来实现相互操作，如此看来，SET的普遍应用还需要假以时日。

2、无论是使用SSL协议还是使用SET协议进行在线支付，它们总有不如人意之处。但由于SET在安全性，保密性上的优势，它本应成为未来电子商务实现在线支付的主流方式。

3、电子支付无论要采取哪种支付协议，都应该考虑到安全因素，成本因素和使用的便捷性这三方面，由于这三者在SET协议和SSL协议里的任何一个协议里面无法全部体现，这就造成现阶段SSL协议和SET协议并存使用的局面。