申请京东自营店的方法是：

1、注册账号。在进入入驻流程前，请注册京东个人用户账号，用于入驻关联。进入京东用户中心，验证手机和邮箱，以保证您入驻信息的安全。进入商家入驻页面，点击“我要入驻”，进入入驻流程。

2、填写公司信息。确认入驻协议、查看入驻须知。录入开店联系人的信息，便于在入驻过程中遇到任何问题，可以第一时间联系到。填写公司信息，包含营业执照、组织机构代码和经营信息。

3、填写店铺信息。填写店铺信息，包含店铺类型、经营类目和品牌。提交公司和类目品牌相关资质。点击查看入驻所需资质。选择希望使用的店铺名称和域名。

4、签署合同提交入驻申请。确认在线服务协议，提交入驻申请。