1、管理体系不同：国有独资企业由政府出资，隶属于政府，实行政府任命或职工选举并经政府审核同意的厂长(经理)负责制，注重隶属关系；国有独资公司是以“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的现代产权制度为指引，建立明确的以资产为纽带的现代国有产权管理体系。
2、治理结构不同：国有重点大型企业监事会由国务院派出，对国务院负责，代表国家对国有重点大型企业的国有资产保值增值状况实施监督。一般的国有企业董事会则由同级政府派出。国有独资公司监事会由国有资产监督管理机构委派。
3、管理者角色不同：国有独资企业的厂长(经理)是上级任命的，是企业法定代表人，在企业生产经营中处于中心地位。国有独资公司总经理是由董事会聘任，对董事会负责，根据董事会的决策，对企业的日常经营管理工作负全面的责任，董事会与总经理之间是一种聘用关系(委托代理关系)。