1、内涵不同
行政单位是指进行国家行政管理、组织经济建设和文化建设、维护社会公共秩序的单位，主要包括国家权力机关、行政机关、司法机关、以及实行预算管理的其他机关等。
事业单位是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
社会团体是当代中国政治生活的重要组成部分。中国目前的社会团体都带有准官方性质，社会团体实际上附属在业务主管部门之下。
2、担负的职责不同
行政单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动；社会团体是社会组织的一种。
3、编制和工资待遇的来源不同
行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担；事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担，事业单位有全额拨款的，有部分拨款的，还有事业单位企业化管理的。