1、含义不同。
3%为小规模纳税人增值税税率；17%为一般纳税人增值税税率。
2、享受的税收的政策不一样。
小规模纳税人不能抵扣进项税，只有一般纳税人才能抵扣进项税额。
一般纳税人抵扣进项税的条件：
（
1）必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税。
（
2）取得小规模纳税人在国税代开的增值税专用发票，可以按3%抵扣进项税。
3、发票性质不同
3%的税率在增值税普通发票使用较多的；17%税率常见于增值税专用发票。税法规定必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税，进项增值税发票经过认证可以抵扣税金，普通发票不能抵税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十二条