1、小产权房交易是违法的，是国家和法律禁止的，所以得不到法律的保护。
2、因违法，所以就存在被拆除或没收，并得不到有效补偿的风险存在。2009年6月2日出台的《深圳市人民代表大会常务委员会关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定》(以下简称《决定》第五条规定“经普查记录的违法建筑，市政府应当区别其违法程度，根据本决定以及土地利用总体规划、城市规划和土地利用计划要求，分别采用确认产权、依法拆除或者没收、临时使用等方式，分期分批处理。”
3、违约或一房多卖或房子的其他权利瑕疵等情况容易发生。因小产权房买卖是非法的，所以当一方反悔时，就可以主张合同无效而又因小产权房没有有效登记，所以第三方根本无法查到买卖情况或是房子的权益状态，所以容易一房多卖或者其他权利瑕疵
4、转让手续虽然简单，但是毕竟违法，也造成了再转让困难，而且升值的空间也不大
5、房子寿命风险。虽说中国的商品房寿命不怎么样，但从总体平均上来看，相对于小产权房还是好一些，毕竟一般建小产权房的都是些不合法的开发公司，而且如有质量问题也得不到售后服务。