1、申诉权是一项基本人权,公民在其权利和合法权益受到侵害时，有权向有关国家机关提出申诉。这就是申诉权。控告权就是公民对任何国家机关和国家工作人员的违法失职行为，有向有关机关进行揭发和指控的权利。
2、含义不同。申诉权是指公民对国家机关给予的行政处分、诉讼判决不服,或者受到压制、歧视等不公正的待遇时,有权依照法律的规定,向有关国家机关提出申诉或诉讼,请求免除、减轻处理或予以解决,给予公正待遇。控告权是指公民因受到国家机关及其工作人员的侵害,有权对他们的违法、失职行为,向有关国家机关进行指控、告发,要求依法处理。
3、对象不同。申诉的对象包括国家机关或工作人员实施的侵犯自己合法权益的违法失职行为,以及行政机关或司法机关作出的错误的、违法的决定或判决;控告对象不限于国家机关违法行使职权的行为,还包括在执行职务之外实施的侵犯自己合法权益的违法行为。
4、处理程序不同。申诉处理程序比较严格。
5、法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百一十条条第二款、三款规定，“被害人对侵犯其人身、财产权利的犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者控告。公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应该接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人;对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。”由此可以得出控告人是被害人及其近亲属或其诉讼代理人。