1、对于犯罪嫌疑人在侦查阶段死亡的，如果仍处于立案阶段，应当依法撤销案件；如果已经移送检察院审查起诉，应当依法做出不起诉决定。另外，如果被告人在案件审理阶段死亡的，人民法院应当裁定终止审理。但是如果有证据可以证明被告人无罪的，人民法院应当依法进行缺席审理并作出无罪判决。具体规定可以参考以下法条。
2、法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
第二百九十七条 被告人死亡的，人民法院应当裁定终止审理，但有证据证明被告人无罪，人民法院经缺席审理确认无罪的，应当依法作出判决。
人民法院按照审判监督程序重新审判的案件，被告人死亡的，人民法院可以缺席审理，依法作出判决。