1、二者的定义存在区别
(1)撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。
(2)终止侦查是指人民法院在审判案件过程中，遇有法律规定的情形致使审判不应当或者不需要继续进行时终结案件的诉讼活动。
2、二者的执行结果存在区别
(1)终止侦查：终止侦查，说明经公安机关侦查，没有证据证明该人有犯罪事实，已排除涉案嫌疑，但有证据证明该案件有犯罪事实的存在。终止侦查，只是侦查结束，不代表没有责任或者有罪。
(2)撤销案件：案件撤销就是不查且无罪或者无责任。
3、二者的执行流程存在区别
(1)撤销案件，公安机关应当报经上级领导审查批准，然后写出撤销案件报告。
(2)检察机关在办理直接受理侦查的刑事案件，对依法不应追究刑事责任的被告人，可以决定撤销案件。
(3)根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理刑事赔偿案件适用法律若干问题的解释》第五条终止侦查、撤销案件、不起诉、判决宣告无罪终止追究刑事责任的。终止侦查决定书是指对个人来说，经公安机关的调查没有证据证明其犯罪，排除作案嫌疑，但是该案件又确实是真实存在的;撤销案件是指经过侦查机关侦查，否定了之前的立案依据，或发现了其他法定情形从而采取的诉讼行为。