根据我国《公司法》的相关规定，中小股东可以通过以下措施和制度保护自己的权利：
1、可以查阅公司会计账簿。有限责任公司的股东可以要求查阅公司会计账簿。
2、可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。
3、可以要求退股。
公司连续5年盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，但不向股东分配利润的，对股东大会该项决议投反对票的股东可以要求公司以合理价格收购其股权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼。
4、特殊情况下，股东可以申请法院解散公司。
目前有的公司经营严重困难，财务状况恶化，虽未达到破产界限，但继续维持会使股东利益受到更大损失；而因股东之间分歧严重，股东会、董事会又不能做出公司解散清算的决议，处于僵局状态。此时符合一定条件的股东可以申请法院解散公司，进行清算。
5、可以提起直接诉讼。
公司控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员等的行为损害了股东利益时，受害股东可以提起损害赔偿之诉。
6、可以提起股东代表诉讼。
当公司董事、经理等高级管理人员或公司以外的他人侵犯了公司权益，给公司造成了损失而公司不予追究时，股东可以以自己的名义依法向人民法院提起诉讼，以维护公司和自己的权益。
7、法律依据：
《中华人民共和国公司法》第二十二条
股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。
《中华人民共和国公司法》第三十三条
股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。
《中华人民共和国公司法》第七十四条
有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
（二）公司合并、分立、转让主要财产的；
（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。