1、二者受理的机关不同。行政诉讼由法院受理；行政复议由行政机关受理。一般由原行政机关的上级机关受理，特殊情况下，由本级行政机关受理。
2、二者解决争议的性质不同。人民法院处理行政诉讼案件属于司法行为，适用行政诉讼法；行政机关处理行政争议属于行政行为的范围，应当适用行政复议法。
3、二者适用的程序不同。行政复议适用行政复议程序，而行政诉讼适用行政诉讼程序。行政复议程序简便、迅速、廉价，但公正性有限；行政诉讼程序复杂且需要更多的成本，但公正的可靠性大。行政复议实行一裁终局制度；而行政诉讼实行二审终审制度等。
4、二者的审查强度不同。根据《行政诉讼法》的规定，原则上法院只能对行政主体行为的合法性进行审查；而根据《行政复议法》的规定，行政复议机关可以对行政主体行为的合法性和适当性进行审查。
5、二者的受理和审查范围不同。《行政诉讼法》和《行政复议法》对于受理范围均做了比较详细的规定。从列举事项来看，《行政复议法》的受案范围要广于《行政诉讼法》。此外，《行政复议法》还规定对国务院的规定、县级以上地方各级人民政府及其工作部门的规定、乡镇人民政府的规定等规范性文件可以一并向行政复议机关提出审查申请。
行政复议与行政诉讼是两种不同性质的监督，且各有所长，不能互相取代。因此，现代国家一般都同时创设这两种制度。在具体的制度设计上，或将行政复议作为行政诉讼的前置阶段；或由当事人选择救济途径，或在当事人选择复议救济途径之后，仍允许其提起行政诉讼。