1、原因不同
两者都是国家对行政机关及其工作人员在行政管理过程中损害公民、法人或者其他组织的合法权益所采取的补救措施,但是行政赔偿所针对的损害是行政机关及其工作人员的违法行为,而行政补偿针对的是合法行为。
2、范围不同
行政赔偿的范围小于行政补偿的范围。行政赔偿受国家赔偿法的限制,国家并非对所有的行政侵权行为都承担赔偿责任。例如对国行外交等国家行为,一般认为实行国家豁免。国家对公民、法人或者其他组织造成的损害不承担赔偿责任。行政补偿的原因行为除了合法性这一限制之外,没有其他的限制。
3、程度不同
行政赔偿对公民、法人或者其他组织的合法权益的补救程度不如行政补偿充分。国家赔偿法针对损害限于人身权和财产权的损害,而行政补偿没有这种限制。而且,对国家赔偿法规定范围之内的行政侵权行为所造成的损害,国家也并非全部赔偿,而是限于最低限度的直接损失。国家赔偿法规定"计算标准"的作用之一为了限制赔偿的数额。行政补偿采取补偿实际损失的原则,行政机关及其工作人员的合法行为给公民、法人或者其他组织的合法权益造成了多大的损害,国家就补偿多少。当然,行政补偿所针对的损害必须是特定的公民、法人或者其他组织所遭受特别的损害,而不是不偏的损害。从损害这一点来看,行政赔偿着眼于赔偿的最高数额,而行政补偿着眼于损害的特定性,没有数额的限制。
4、程序不同
行政补偿可能是在损害发生之前由于行政机关与公民协商解决,也可能是在损害发生之后由行政机关与之协商解决。行政赔偿只能发生在侵权行为发生之后,由行政机关与公民协商解决。行政补偿和行政赔偿都可以适用于调节。但是,公民因与行政机关对行政补偿不能达成协议而起诉,适用一般的行政诉讼程序;与行政赔偿义务机关对行政赔偿不能达成协议而起诉的,适用行政侵权赔偿诉讼程序。