①性质不同。税务行政复议是属于行政机关的行政活动，税务行政诉讼是属于司法机关的司法活动。　　
②管辖机关不同。税务行政复议原则上由原处理机关的上一级税务机关或本级人民政府管辖;而税务行政诉讼则由人民法院管辖。　　
③审理方式和程序不同。人民法院审理税务行政案件实行合议、回避、公开审判、两审终审和辩论制度;而税务复议机关审查税务复议案件以书面审查为原则(必要时才采取其他方式)，且实行一级复议制度。　　
④效力不同。人民法院对税务行政案件的判决和裁定具有终局性，当事人对裁决和裁定不服只能进行申诉，且申诉不影响法院裁决的执行力;税务行政复议则不同，除国务院所作的裁决外，其他复议机关所作的税务行政复议决定不具有终局性，申请人对复议决定不服可向人民法院提起诉讼。