1、可以先和对方协商处理，如果数额不大，员工愿意主动退还的，可以由工作单位自行处理；
2、如果拒不归还或者数额较大的，可以向公安机关报警或者是提起诉讼。
员工在工作过程当中私自收取金钱是属于职务侵占行为，数额达到五千元至一万元以上构成犯罪。
3、法律依据：
《刑法》 第二百七十一条　【职务侵占罪；贪污罪】公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。