1、农村合作医疗卡补办流程：首先预约挂失。挂失分为口头挂失和书面挂失两种方式。其次正式挂失。预约挂失后办理正式挂失，预挂失期间如果找到了社保卡，可以取消挂失。最后办理补卡。在新农合服务网点，填写申请单，工作人员会开具一张领卡证明，在十五个工作日后可携带此证明到新农合服务网点领取新卡。
2、 法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。