1、还珠格格第三部主要讲：小燕子虽然已与永琪完婚，依旧是笑话常闹，祸事不断的“开心果”，在随皇阿玛“南巡”途中，山东正闹饥荒，小燕子一激动，将随身携带的食物全部给了灾民，乾隆也只好忍饥挨饿，山东地方官为了讨好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、尔康、紫薇联想到灾民惨状，忍不住大闹酒席，乾隆也被他们的正义行为所感动。

2、“南巡”路上，紫薇和尔康恩恩爱爱，永琪和小燕子快快乐乐，只有晴儿和箫剑陷入相爱却不能相聚的痛苦之中，小燕子对哥哥的痛苦看在眼里，挂在心中，到了杭州，她与永琪、紫薇、尔康商量好，偷偷安排了一条船，掩护晴儿与箫剑相会，卫兵误以为刺客，欲登船擒拿，小燕子等人仓卒出手，打斗惊动了皇上和皇太后，也暴露了晴儿与箫剑的恋情而受到太后的斥责。

3、此时乾隆无心关注儿女之事，他的心已被青楼美女夏盈盈所迷，并宣称要封夏盈盈作妃子，此事惊动了太后和皇后，皇后为保全皇帝的声誉，呈血书恳切力谏，乾隆大怒，将皇后遣回京城。皇后几年来洗心革面修复的夫妻之情倾刻化为乌有，最终只能面对“削发为尼”的结局。

4、其实在南巡路上，大家还认识了海宁陈邦直的小女儿知画，太后看她温柔娴雅，又多才多艺，决定把她带回京城，而知画和她的父母竟然毫不犹豫地答应了。晴儿看到知画来到太后身边，决定和箫剑远走高飞，尔康又假传圣旨，用金牌令箭放走了他们，乾隆大发雷霆，无奈，箫剑和晴儿这对苦命鸳鸯又赶了回来。

5、回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，为防不测，将箫剑囚禁起来，在营救过程中，小燕子知道了杀父仇人竟然是最亲近的皇阿玛，从此，她对永琪的爱渐渐冷却，对乾隆的恨渐渐加深。为了保守秘密，太后提条件让永琪娶知画，婚礼当天就会放了箫剑，小燕子为了救哥哥，只好忍痛割爱，无奈之下，永琪和知画完成了婚礼。他们成亲以后，小燕子与知画的冲突不断，知画为了得到永琪，也与小燕子展开一场战争。

6、边疆的战火燃起，死里逃生的永琪与尔康率大军挥师南下，反击缅甸军队的进犯，清军虽然大胜而归，也带回了战死沙场的尔康的尸体，紫薇悲痛欲绝，为了与在天国的爱人相会，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飞出成千上万的蝴蝶，组成彩色的云团托起紫薇，迷幻中有人告诉她：尔康没有死。而就在大家沉浸在悲痛之时，知画产下一子，取名绵亿，这使小燕子的醋意更加浓密。

7、尔康真的没有死，缅甸王猛白的八公主在刀光剑影中爱上了尔康，乘尔康受伤将其抢回行宫用“调包”的假象蒙骗了永琪，也蒙骗了紫薇，因受伤而意识模糊的尔康错把公主当成紫薇，深陷敌国，被迫成亲还在异国染上了药瘾。

8、箫剑知道此事后来到北京，告诉紫薇真相，虽然没有把握，但是紫薇深信这是真的。大家面见乾隆，乾隆逼问箫剑的来历，知画把真相揭开，箫剑和小燕子因为仇恨而失去理智，箫剑上去掐住乾隆的脖子，小燕子拔下永琪的剑刺向乾隆，永琪奋力抢救，中剑的永琪却痛定思痛手腕被重重地划了一刀，并要挟箫剑放手。箫剑又要除掉永琪，被小燕子制止。小燕子心中的仇恨之火终于被永琪、紫薇的真爱之泉所浇灭。

9、紫薇决定南下寻夫，永琪为了小燕子也决定放弃王位，离开皇宫，乾隆不但成全了他们，也成全了箫剑和晴儿这对苦苦的恋人。离开时，知画抱着绵亿追着永琪，小燕子也终于知道知画对永琪的感情，但是马车头也不回地走了。

10、猛白要挟八公主和尔康结婚，但是缅甸公八主决定放掉他，让他跟紫薇继续“生死之交”，一行五人历经千辛万苦，终于在异国他乡与尔康相聚，各诉衷肠。后来，因尔康染上药瘾需戒掉，戒药时尔康曾打紫薇。后来，终于成功了。为了庆祝尔康戒药成功也同时让晴儿和箫剑如愿，他（她）们办了一个各个民族聚集地婚礼，婚礼中还爆出惊天大料小燕子怀孕了。尔康和紫薇要回北京，大家恋恋不舍。星移斗转，隐居在大理的永琪和小燕子早已儿女满堂，一天两位不速之客突然光临，永琪小燕子一见，大吃一惊，原来是日思夜想的皇阿玛和尔康。箫剑和晴儿带着儿女赶来相聚，三代人欢聚一堂，阵阵笑声久久回荡在天上人间。